Servicios plataformas - Plataforma de genómica

Medida del tamaño de fragmentos, cantidad y calidad de ADN y ARN mediante sistema electroforético microfluídico de alta resolución y sensibilidad en Bioanalyzer 2100 (Agilent Technologies). Volumen requerido de muestra: 1 µL.

Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (Agilent Technologies), equipada con DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (3 µm). Marcaje en 2 colores. Formatos disponibles: 8 x 60K para genomas completos de humano, ratón y rata, y custom, y de 4 x 44K u 8 x 15K de hasta otras 26 especies. Cantidad requerida de muestra: 250 ng de RNA total.

Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (Agilent Technologies), equipada con DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (3 µm). Formatos disponibles: 8 x 60K para los microRNAomas completos de humano, ratón y rata, y custom. Cantidad requerida de muestra: 100 ng de RNA total rico en miRNA (obtenidos con Trizol o Qiazol).

Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (Agilent Technologies), equipada con DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (3 µm). Marcaje en 2 colores. Formatos disponibles: 1 x 244K y 2 x 105K para el estudio de la metilación de islas CpGs en  los genomas humano y de ratón, respectivamente. Cantidad requerida de muestra: 5 mg de DNA.

Equipo QuantStudio 5 (Applied Biosystems), con un bloque de 384 pocillos, seis filtros de excitación y seis emisiones. Los filtros ofrecen 21 combinaciones diferentes de colores permitiendo una amplia gama de fluoróforos de detección y multiplexación máxima. Además, la conexión a ThermoFisher Cloud permite acceder, compartir y analizar los datos en cualquier momento y desde cualquier lugar.

El tiempo de realización de esta técnica es variable en función del número de muestras o cantidad de genes a analizar.

Plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de ADN (Agilent Technologies), equipada con DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (3 µm). Marcaje en 2 colores. Formatos disponibles: 2 x 400K y 4 x 180K para el estudio de los exomas de humano, ratón y rata. Cantidad requerida de muestra: 250 ng de RNA total.

La secuenciación masiva permite la secuenciación simultánea de un gran número de muestras o genes de forma eficiente, rápida y económica. Se dispone de la tecnología "Personal Genome Machine" PGM (Ion Torrent).

El servicio proporciona soporte técnico completo en las siguientes tareas:

• Asesoramiento en la estrategia a desarrollar según las necesidades del proyecto, diseño de paneles personalizados y presentación de un presupuesto orientativo
• Generación de librerías y controles de calidad
• Secuenciación de carreras de 200 pb o 400 pb
• Análisis bioinformático avanzado de los datos generados

Consultar requisitos de calidad de las muestras a secuenciar.

Las técnicas convencionales y moleculares de Citogenética ofertadas se realizan por el personal cualificado del Centro de Bioquímica y Genética Clinica del Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca.

Los productos de PCR marcados con fluorescencia son separados de acuerdo a su tamaño mediante electroforesis capilar en un analizador genético  ABI 3500 o ABI 3130 (Applied Biosystems) y analizados con software específico como SeqScape v 2.5 y GeneMapper v 3.7 (Applied Biosystems).

Consultar requisitos de calidad de las muestras a analizar.

El análisis cuantitativo de la metilación de sitios CpG específicos en cualquier genoma se realiza mediante pirosecuenciación con el sistema Pyromark Q24 (Qiagen). Se utilizan ensayos predefinidos o de nuevo diseño mediante Pyromark Assay Design Software (Qiagen). Junto a las muestras experimentales, se incluyen controles de DNA 100% metilado y no metilado. Previamente a la pirosecuenciación se realiza tratamiento con bisulfito sódico para la conversión de las citosinas no metiladas en uracilos, seguido de amplificación de los fragmentos diana mediante PCR usando primers específicos (no incluidos en el servicio). Cantidad óptima recomendada de muestra: 200-500 ng de DNA.

El personal de la plataforma está disponible para consultoría y diseño experimental