SECUENCIACIÓN ADN

EXOMA HUMANO COMPLETO (hWES)

Es una técnica que se utiliza para secuenciar todas las regiones codificantes de proteínas del genoma humano, conocidas como exoma. La región exónica constituye aproximadamente el 1-2% del genoma humano, pero contiene aproximadamente el 85% de las variantes conocidas relacionadas con enfermedades. Al centrarse en estas regiones, la secuenciación del exoma humano permite analizar diversas variantes genómicas, mutaciones de la línea germinal y somática. Es una alternativa rentable a la secuenciación del genoma humano completo y tiene aplicaciones en diversas áreas, como la identificación de variantes genéticas relacionadas con enfermedades, el descubrimiento de biomarcadores y dianas terapéuticas, el estudio de enfermedades complejas, la investigación del cáncer o la genética de poblaciones humanas.

• Desarrollamos proyectos con paneles WES de cualquier proveedor comercial como IDT, Twist, Agilent..
• Datos de alta calidad que cumplen los estándares de secuenciación.
• Aplicamos una cobertura mínima de 50x.
• Los archivos fastaq pasan a la plataforma de bioinformática para un análisis avanzado de los datos.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

SECUENCIACIÓN REGIONES DIRIGIDAS

La secuenciación de regiones dirigidas se centra en la secuenciación de un subconjunto de genes o regiones específicas del genoma, que se supone están asociadas con una determinada enfermedad o fenotipo. A menudo se utiliza para analizar variaciones genéticas en los genes de interés. En comparación con la secuenciación del genoma completo y la secuenciación del exoma completo, la secuenciación de regiones dirigidas  genera un conjunto de datos más manejable y es más rentable económicamente, lo que permite a los investigadores secuenciar a mayor profundidad e identificar variantes raras.

• Podemos aplicar cualquier panel comercial de sondas de captura o amplicones.
• Si los paneles comerciales no incluyen los genes de su interés, disponemos de gran experiencia en el diseño de paneles custom.
• Los paneles custom se pueden diseñar  sobre cualquier organismo para la secuenciación de genes, regiones, hotspots/SNPs, análisis de expresión o detección de genes de fusión.
• Los paneles HD presentan alta sensibilidad (LOD < 0.1%) y se aplican para biopsia líquida y oncología somática.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

SECUENCIACIÓN ARN

TOTAL RNA-Seq

El ARN-Seq total es un método utilizado para el análisis integral de ARNs codificantes de proteínas y ARN largos no codificantes (lncRNA). Estos últimos son una fracción moderadamente abundante del transcriptoma eucariota, que se compone de ARNs de más de 200 nt que no codifican proteínas. Sin embargo, tienen importantes funciones reguladoras de la transcripción génica, modificaciones postranscripcionales y epigenética. Dado que muchos carecen de una cola poli(A), las moléculas de lncRNA suelen quedar excluidas de la selección de poli(A).

• Disponemos de varios métodos de preparación de librerías según la calidad y concentración de la muestra de ARN.
• Incluye la depleción de rRNA, mt-rRNAs y beta globina humana.
• Se generan perfiles de expresión génica tanto para tránscritos codificantes como no codificantes, obteniendo una transcriptómica de alta sensibilidad.
• La cobertura mínima son 50 M reads/muestra.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

mRNA-Seq

En los eucariotas, las tráncritos de ARNm contienen colas poliadeniladas, que se utilizan para enriquecer las moléculas de ARNm mediante la selección poli(A). Las moléculas de ARN poliadenilado constituyen solo el 1-5% del ARN total en muchas especies, lo que significa que las concentraciones de la muestra después de la selección poli(A) generalmente se reducen en un factor de 20 a 100 veces.  El ARNm purificado se convierte en ADNc y se amplifica mediante PCR para enriquecer la concentración de la librería.

• Se requiera buena calidad del ARN (RIN≥7).
• La cobertura mínima son 25 M reads/muestra.
• La información obtenida es cualitativa (anotación de genes, orientación de los tránscritos, sitios de inicio de la transcripción, límites entre exones e intrones, sitios de poliadenilación, splicing alternativo (isoformas), genes de fusión, descubrimiento de variantes).
• También cuantitativa (niveles de expresión génica relativos o absolutos, expresión diferencial (comparación de niveles en dos o más condiciones) y  niveles de expresión de isoformas.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

3´ mRNA-Seq (QUANTSEQ)

Se trata de una herramienta exclusiva para el análisis de la expresión diferencial de genes (DGE). A diferencia del RNA-seq tradicional cada tránscrito  sólo genera una molécula en la preparación de la librería complementaria al extremo 3´, lo que reduce considerablemente el número de lecturas necesarias, y por tanto, el coste.

• Menos sensible a las variaciones de calidad/integridad de la muestra de ARN. Se recomienda RIN ≥5
• La información obtenida es únicamente cuantitativa.  
• Se requiere una buena anotación del genoma de referencia (UTRs incluidas), y sólo es aplicable a muestras eucariotas.
• Por defecto, incluimos UMIS  para minimizar los duplicados.
• La cobertura mínima son 10 M reads/muestra.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

METAGENÓMICA

AMPLICONES 16S rRNA/ ITS2

Las regiones hipervariables cortas  de genes conservados (16S rRNA) o regiones intergénicas (ITS) se amplifican mediante cebadores universales por PCR y se secuencian para describir y comparar la filogenia y taxonomía de bacterias (y arqueas) y hongos (como levaduras, mohos, etc.), respectivamente. 

La secuenciación metagenómica de amplicones permite para identificar y diferenciar múltiples especies microbianas a partir de muestras complejas, sin necesidad de cultivo.

• Secuenciamos la región hipervariable V3-V4 del gen 16S rRNA e ITS2 (Internal Transcribed Spacer).
• Proporcionamos datos de cuantificación absoluta referida al número de copias del gen 16S rRNA, mediante una curva estándar de PCR en tiempo real.
• Disponemos de gran experiencia en multitud de proyectos con muestras procedentes de cualquier origen.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

SHOTGUN

Shotgun proporciona información sobre el ADN genómico total de todos los organismos en una muestra, evitando la necesidad de aislar y cultivar microorganismos o amplificar regiones dirigidas. islar y cultivar microorganismos o amplificar regiones objetivo. Esto es crucial porque el 99 % de todos los microorganismos no se pueden cultivar en el laboratorio. Shotgun proporciona no solo información sobre las anotaciones taxonómicas de cada organismo, sino también el perfil funcional, la predicción genética y la interacción microbiana de toda la comunidad.

• Establecemos una prueba de cobertura necesaria para detectar toda la diversidad de su muestra.
• El plazo de entrega estimado es de 22 días hábiles.

SECUENCIACIÓN LIBRERÍAS

Secuenciamos directamente las librerías preparadas por nuestros clientes utilizando la plataforma NextSeq 2000 (Illumina) que ofrece diferentes longitudes de lecturas, rendimiento y tiempos de respuesta.

Ofrecemos soporte científico, gestión estricta de control de calidad, amplia experiencia en proyectos y un servicio excepcional, asegurando que cada paso se ejecute de manera excelente para respaldar su investigación.

Consúltenos.

ANÁLISIS ÁCIDOS NUCLEICOS  Y  QC LIBRERÍAS

Disponemos del equipo de electroforesis automatizada TapeStation 4200 (Agilent) para el análisis de tamaño,  integridad de ácidos nucleicos (RIN y DIN), % ADN libre circulante (cfDNA) y como control de calidad (QC) de librerías previo a la secuenciación.

• Resultados inmediatos, en el mismo día.
• Sólo se requiere 1 µl de muestra.

SECUENCIACIÓN SANGER

Ofrecemos el servicio de electroforesis capilar en analizador genético ABI 3500 y SeqStudio (Applied Biosystems) con disponibilidad para el usuario del software SeqScape v 2.5 y GenMapper v 3.7.

Algunas aplicaciones del analizador genéticos son la secuenciación tradicional de ADN, análisis de fragmentos para identificación humana (forense), análisis de microsatélites e indels, Quantitative Fluorescence PCR (QF-PCR) y Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) para el estudio de microdeleciones/microduplicaciones.

• El tamaño de secuencia aproximado son 600 pb.
• El plazo de entrega estimado es de 7 días hábiles.

PIROSECUENCIACIÓN

El análisis cuantitativo de la metilación de sitios CpG específicos en cualquier genoma se realiza mediante pirosecuenciación con el sistema Pyromark Q24 (Qiagen). Se utilizan ensayos predefinidos o de nuevo diseño mediante Pyromark Assay Design Software (Qiagen). Junto a las muestras experimentales, se incluyen controles de DNA 100% metilado y no metilado. Previamente a la pirosecuenciación se realiza tratamiento con bisulfito sódico para la conversión de las citosinas no metiladas en uracilos, seguido de amplificación de los fragmentos diana mediante PCR usando primers específicos. La conversión con bisulfito y la PCR se incluyen en el servicio.

El tiempo de ejecución de la pirosecuenciación dependerá del número de muestras a analizar, requiriéndose al menos dos  semanas para la conversión con bisulfito, PCRs y pirosecuenciación.

REAL TIME PCR

Disponemos del equipo QuantStudio 5 (Applied Biosystems) con bloque de 384 pocillos, seis filtros de excitación y seis emisiones. Los filtros ofrecen 21 combinaciones diferentes de colores permitiendo una amplia gama de fluoróforos de detección y multiplexación máxima. El equipo está conectado a ThermoFisher Cloud lo cual permite acceder, analizar y compartir los datos con nuestros clientes.

• Los investigadores pueden preparar sus placas y reservar el equipo para su uso.
• El personal de la plataforma puede realizar directamente los ensayos.

MICROARRAYS

Disponemos de la plataforma para la hibridación y análisis de microarrays de DNA (Agilent Technologies) equipada con DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (3 µm). 

• Marcaje en 2 colores.
• Disponibles ensayos para  expresión génica en formato 8 x 60K para genomas completos de humano, ratón, rata y custom de 4 x 44 K / 8 x 15K de hasta otras 26 especies.
• Disponibles ensayos para miRNAs en formato 8 x 60K para humano, ratón y rata y custom. 
• El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar, como mínimo se establece un periodo mínimo de 15 días una vez se hayan recibido los microarrays en el laboratorio.

CITOGENÉTICA

En colaboración con el personal especializado del Centro de Bioquímica y Genética Clínica, ofrecemos los servicios de:

• Análisis de anomalías cromosómicas mediante el estudio del cariotipo convencional constitucional.
• Hibridación in situ Fluorescente (FISH) en extensiones celulares.
• Microarray de Hibridación Genómica Comparada (CGH) para análisis de variaciones en número de copias (CNVs) con software de análisis Cytogenomics v5.2 (Agilent Technologies, Inc.).

El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar y disponibilidad.