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ANÁLISIS DE CALIDAD DE ÁCIDOS NUCLEICOS

Análisis de tamaño, concentración e integridad de ácidos nucleicos mediante electroforesis capilar TapeStation 4200 (Agilent). Ensayos disponibles:

  • RNA (RIN): Rango cuantitativo: 25-500 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
  • HS RNA (RIN): Rango cuantitativo:  500-10000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
  • D1000:  Rango tamaño: 35-1000 pb, Rango cuantitativo: 0.1-50 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
  • HS D1000: Rango tamaño: 35-1000 pb, Rango cuantitativo: 10-1000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
  • D5000: Rango tamaño: 100-5000 pb, Rango cuantitativo: 0.1-50 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
  • HS D5000: Rango tamaño: 100-5000 pb, Rango cuantitativo: 10-1000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
  • Genomic DNA (DIN)Rango tamaño: 200-60000 pb, Rango cuantitativo: 10-100 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
  • Cell-free DNA (% cfDNA):  Rango tamaño: 50-800 pb, Rango cuantitativo: 100-4000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
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MICROARRAYS: EXPRESIÓN GÉNICA

Plataforma DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (Agilent Technologies). Ensayos disponibles:

  • Microarrays Expresión Génica Humano, 8 muestras
  • Microarrays Expresión Génica Ratón, 8 muestras
  • Microarrays Expresión Génica Rata, 8 muestras
  • Microarrays Expresión Génica Pez Cebra, 4 muestras

El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar, como mínimo se establece un periodo mínimo de 20 días una vez se hayan recibido los microarrays en el laboratorio.

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MICROARRAYS: miRNA

Plataforma DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (Agilent Technologies). Ensayos disponibles:

  • Microarrays miRNA Humano, 8 muestras
  • Microarrays miRNA Ratón, 8 muestras
  • Microarrays miRNA Rata, 8 muestras

El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar, como mínimo se establece un periodo mínimo de 20 días una vez se hayan recibido los microarrays en el laboratorio.

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PCR A TIEMPO REAL

Equipo QuantStudio 5 (Applied Biosystems), con bloque de 384 pocillos, seis filtros de excitación y seis emisiones. Acceso a los datos mediante conexión a ThermoFisher Cloud. Primers y/o sondas no incluidas en el servicio. Aplicaciones:

  • Análisis de expresión génica 
  • Genotipado 
  • Perfiles y cuantificación de microRNAs
  • Detección y cuantificación de patógenos

El tiempo de realización de esta técnica es variable en función del número de muestras o cantidad de genes a analizar.

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SECUENCIACIÓN MASIVA: DNA
  • Secuenciación de Exoma Humano Completo (50x /100x)
  • Secuenciación dirigida (Paneles Ampliseq, Oncomine y custom)

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

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CITOGENÉTICA
  • Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (CGH)
  • Hibridación in situ Fluorescente (FISH) en extensiones celulares
  • Cariotipado

Las técnicas ofertadas se realizan por el personal cualificado del Centro de Bioquímica y Genética Clínica del Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca. Consultar disponibilidad.

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ANÁLISIS GENÉTICO

Analizador genético  ABI 3500 (Applied Biosystems). Software disponible SeqScape v 2.5 y GeneMapper v 3.7 (Applied Biosystems).

  • Secuenciación Sanger de ADN
  • Análisis de fragmentos de ADN

El tiempo estimado para este servicio es de 7 días. LAS MUESTRAS DEBEN SER ENTREGADAS EN EL LABORATORIO ANTES DE LOS JUEVES 11 A.M. Las muestras que entren después no se procesarán hasta el viernes de la semana siguiente.

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PIROSECUENCIACIÓN: ANÁLISIS DE METILACIÓN

Sistema Pyromark Q24 (Qiagen). Ensayos predefinidos o de nuevo diseño. Previamente a la pirosecuenciación se realiza tratamiento con bisulfito sódico seguido de amplificación de los fragmentos diana mediante PCR usando primers específicos (no incluidos en el servicio).

  • Conversión ADN con bisulfito
  • Pirosecuenciación (lectura simple)
  • Pirosecuenciación (lectura por duplicado)
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SOLICITUD DE CITA

El personal de la plataforma está disponible para consultoría y diseño experimental

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SECUENCIACIÓN MASIVA: METAGENÓMICA

Análisis de la diversidad bacteriana mediante secuenciación de:

  • Gen 16s rDNA (bacterías y arqueas)
  • Espaciador Interno Ribosómico (ITS 1/2) (hongos y levaduras)
  • Shotgun

 

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PERFILES DE EXPRESIÓN GÉNICA (QUANTSEQ)

Quantseq (3´mRNA-Seq) es una herramienta exclusiva para el análisis de la expresión diferencial de genes (DGE).  

  • la información obtenida es exclusivamente cuantitativa.
  • se requiere una calidad del ARN de al menos RIN 5.
  • disponibilidad de kit alternativo para muestras FFPE.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

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mRNA-Seq

Los ARNm monocatenarios (ARNm) se capturan o enriquecen por cola poly-A.

  • requiere muestras de ARN total de alta calidadPara muestras  humanas/animales, se recomienda un ARN total con RIN ≥ 8.
  • para material vegetal, el  RIN puede ser más bajo y específico del tejido (principalmente debido al contenido de cloroplasto), pero generalmente debería ser superior a 7.
  • además de datos cuantitativos, proporciona datos cualitativos sobre la orientación de los tránscritos, sitios de inicio transcripcional, límites exón/intrón, sitios de splicing alternativos (isoformas), sitios de poliadenilación, genes de fusión y descubrimiento de variantes.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

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TOTAL RNA-Seq

Análisis de ARN codificante de proteínas y ARN largos no codificantes (lncRNA)

  • muestras de ARN de menor calidad.
  • depleción de rRNA y beta globina.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

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SMALL RNA-SEQ

NO DISPONIBLE

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