Servicios plataformas - Plataforma de genómica

Análisis de tamaño, concentración e integridad de ácidos nucleicos mediante electroforesis capilar TapeStation 4200 (Agilent). Ensayos disponibles:

• RNA (RIN): Rango cuantitativo: 25-500 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
• HS RNA (RIN): Rango cuantitativo:  500-10000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
• D1000:  Rango tamaño: 35-1000 pb, Rango cuantitativo: 0.1-50 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
• HS D1000: Rango tamaño: 35-1000 pb, Rango cuantitativo: 10-1000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
• D5000: Rango tamaño: 100-5000 pb, Rango cuantitativo: 0.1-50 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
• HS D5000: Rango tamaño: 100-5000 pb, Rango cuantitativo: 10-1000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl
• Genomic DNA (DIN): Rango tamaño: 200-60000 pb, Rango cuantitativo: 10-100 ng/µl, Volumen requerido: 1 µl
• Cell-free DNA (% cfDNA):  Rango tamaño: 50-800 pb, Rango cuantitativo: 100-4000 pg/µl, Volumen requerido: 2 µl

Plataforma DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (Agilent Technologies). Ensayos disponibles:

• Microarrays Expresión Génica Humano, 8 muestras
• Microarrays Expresión Génica Ratón, 8 muestras
• Microarrays Expresión Génica Rata, 8 muestras
• Microarrays Expresión Génica Pez Cebra, 4 muestras

El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar, como mínimo se establece un periodo mínimo de 20 días una vez se hayan recibido los microarrays en el laboratorio.

Plataforma DNA Microarray Scanner with Surescan High Resolution Technology (Agilent Technologies). Ensayos disponibles:

• Microarrays miRNA Humano, 8 muestras
• Microarrays miRNA Ratón, 8 muestras
• Microarrays miRNA Rata, 8 muestras

El tiempo de ejecución dependerá del número de muestras a analizar, como mínimo se establece un periodo mínimo de 20 días una vez se hayan recibido los microarrays en el laboratorio.

Equipo QuantStudio 5 (Applied Biosystems), con bloque de 384 pocillos, seis filtros de excitación y seis emisiones. Acceso a los datos mediante conexión a ThermoFisher Cloud. Primers y/o sondas no incluidas en el servicio. Aplicaciones:

• Análisis de expresión génica 
• Genotipado 
• Perfiles y cuantificación de microRNAs
• Detección y cuantificación de patógenos

El tiempo de realización de esta técnica es variable en función del número de muestras o cantidad de genes a analizar.

• Secuenciación de Exoma Humano Completo (50x /100x)
• Secuenciación dirigida (Paneles Ampliseq, Oncomine y custom)

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

• Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (CGH)
• Hibridación in situ Fluorescente (FISH) en extensiones celulares
• Cariotipado

Las técnicas ofertadas se realizan por el personal cualificado del Centro de Bioquímica y Genética Clínica del Hospital Clínico Universitario Virgen de la Arrixaca. Consultar disponibilidad.

Analizador genético  ABI 3500 (Applied Biosystems). Software disponible SeqScape v 2.5 y GeneMapper v 3.7 (Applied Biosystems).

• Secuenciación Sanger de ADN
• Análisis de fragmentos de ADN

El tiempo estimado para este servicio es de 7 días. LAS MUESTRAS DEBEN SER ENTREGADAS EN EL LABORATORIO ANTES DE LOS JUEVES 11 A.M. Las muestras que entren después no se procesarán hasta el viernes de la semana siguiente.

Sistema Pyromark Q24 (Qiagen). Ensayos predefinidos o de nuevo diseño. Previamente a la pirosecuenciación se realiza tratamiento con bisulfito sódico seguido de amplificación de los fragmentos diana mediante PCR usando primers específicos (no incluidos en el servicio).

• Conversión ADN con bisulfito
• Pirosecuenciación (lectura simple)
• Pirosecuenciación (lectura por duplicado)

El personal de la plataforma está disponible para consultoría y diseño experimental

Análisis de la diversidad bacteriana mediante secuenciación de:

• Gen 16s rDNA (bacterías y arqueas)
• Espaciador Interno Ribosómico (ITS 1/2) (hongos y levaduras)
• Shotgun

Quantseq (3´mRNA-Seq) es una herramienta exclusiva para el análisis de la expresión diferencial de genes (DGE).  

• la información obtenida es exclusivamente cuantitativa.
• se requiere una calidad del ARN de al menos RIN ≥5.
• disponibilidad de kit alternativo para muestras FFPE.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

Los ARNm monocatenarios (ARNm) se capturan o enriquecen por cola poly-A.

• requiere muestras de ARN total de alta calidad. Para muestras  humanas/animales, se recomienda un ARN total con RIN ≥ 8.
• para material vegetal, el  RIN puede ser más bajo y específico del tejido (principalmente debido al contenido de cloroplasto), pero generalmente debería ser superior a 7.
• además de datos cuantitativos, proporciona datos cualitativos sobre la orientación de los tránscritos, sitios de inicio transcripcional, límites exón/intrón, sitios de splicing alternativos (isoformas), sitios de poliadenilación, genes de fusión y descubrimiento de variantes.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

Análisis de ARN codificante de proteínas y ARN largos no codificantes (lncRNA)

• muestras de ARN de menor calidad.
• depleción de rRNA y beta globina.

TODAS LAS MUESTRAS DE RNA DEBEN SER TRATADAS CON DNAsa

El tiempo estimado para este servicio es de 22 días hábiles.

NO DISPONIBLE